Quanti cromosomi ha un topo

Introduzione

Il topo è un sistema modello popolare perché è un mammifero con strumenti genetici sofisticati e risorse genetiche significative.

Posizione tra i mammiferi

Gli ordini dei mammiferi sono nati da 50-65 milioni di anni fa, in una rapida diversificazione. La ramificazione dei diversi ordini di mammiferi era difficile da risolvere sulla base di prove morfologiche e fossili. Il confronto delle sequenze dell'intero genoma assemblato suggerisce che i carnivori (cane) sono più imparentati con i primati (esseri umani) che con i roditori (topi).

Genoma

I topi hanno 20 cromosomi nel loro genoma aploide (quindi 40 cromosomi in tutto). Il genoma aploide è di circa 3 picogrammi, simile agli esseri umani. L'ordine genico dei genomi dei topi e dell'uomo è conservato (sintenia) anche se ci sono riarrangiamenti, diversi per cromosoma. A differenza dei cromosomi per lo più metacentrici degli esseri umani, tutti i cromosomi dei topi sono acrocentrici.

topi adulti pesano 30-40 grammi (da 50.000 a 70.000 grammi per un giovane essere umano), hanno un volume ematico di 2 ml (4.800 ml per gli esseri umani) e una frequenza cardiaca a riposo di 500-700 bpm (60-80 bpm per gli esseri umani).

topi da laboratorio sono unici in quanto ci sono un gran numero (centinaia) di ceppi consanguinei. I ceppi consanguinei sono un ceppo di topi in cui ogni individuo è essenzialmente geneticamente identico e omozigote in tutti i loci.

I ceppi consanguinei di topi sono generati da 20 generazioni o più di accoppiamento fratello-sorella. Sebbene si affermi spesso che i ceppi consanguinei di topi sono omozigoti in tutti i loci, sono state trovate variazioni minori all'interno di un ceppo consanguineo ed esistono chiare differenze tra lo stesso ceppo mantenuto presso diversi fornitori o laboratori.

La maggior parte dei ceppi consanguinei comuni di topi è nata da un numero limitato di topi geneticamente distinti, e quindi il genoma di molti dei ceppi consanguinei comuni è un mosaico di piccoli tratti contigui (diversi geni) di una delle poche varianti genetiche. Così, per un intervallo di diversi geni contigui (300-600 kb), due ceppi possono essere essenzialmente identici nella sequenza del DNA (1 cambiamento nucleotidico per 21.000 coppie di basi), o possono essere divergenti (1 cambiamento nucleotidico per 440 coppie di basi). (Frazer et al., Nature 448:1050)

I vantaggi dei ceppi consanguinei di topi includono la fissazione del background genetico e la riproducibilità di tale background in diversi laboratori e nel tempo (per alcuni ceppi, come il comune C57BL/6J del Jackson Laboratory, il ceppo è stato archiviato come congelato embrioni e il ceppo viene sostituito periodicamente da embrioni congelati). Dato il tasso di mutazione (1 x 10^-5 per locus per gamete), la deriva genetica è bassa e tutti i topi di un dato ceppo sono essenzialmente geneticamente identici (ad eccezione dei maschi/femmine)

Quando i topi di due diversi ceppi consanguinei vengono accoppiati, si dice che la loro prole sia topi F1 (filial generation one). I topi F1 sono geneticamente identici tra loro, poiché ognuno ha ereditato lo stesso set di cromosomi paterni e lo stesso set di cromosomi materni. I topi F1 sono più robusti dei loro genitori a causa del vigore ibrido. (Ovviamente, con l'eccezione che maschi e femmine sono cromosomicamente, geneticamente e fenotipicamente distinti. Inoltre, ci possono essere effetti epigenetici del genitore di origine, tali che il ceppo femminile generato da F1 x ceppo maschile2 potrebbe essere diverso da quello di F1 generato dal ceppo femminile2 x ceppo maschile1 - i due incroci in questo esempio sono chiamate croci reciproche.)

I topi F1 accoppiati fratello-sorella producono una generazione F2. Tutti i topi F2 sono geneticamente distinti l'uno dall'altro, poiché i cromosomi derivati paternamente e maternamente si ricombinano prima di segregarsi in gameti.

Un mouse F1 accoppiato al suo genitore produce la prima generazione di backcross, la generazione N1. I continui reincroci con questo ceppo generano successive generazioni di reincroci (N2, N3 ecc.).

I termini isogenico, coisogenico, congenico e consomico sono usati per descrivere specifici tipi di parentela. I topi isogeni sono geneticamente identici, quindi diversi topi individuali di un ceppo consanguineo sono isogenici. I topi coisogenici hanno una variante (mutazione, transgene, allele bersaglio) che è sorta direttamente su quel ceppo. I topi congenici hanno una variante più grande di un gene, ma per il resto sono isogeni. Topi congenici Tipicamente erano mutanti che sono sorti in un ceppo, ma che sono stati reincrociati 9 generazioni o più su un secondo ceppo, selezionando la variante desiderata ad ogni generazione. Le generazioni sono indicate come un incrocio con N1, N2, ecc. In un congenico, la variante e i geni contigui (dal primo ceppo) vicini alla variante vengono portati in secondo piano poiché la ricombinazione non rimuoverà in modo efficiente il DNA strettamente collegato. I topi consomici hanno un cromosoma completo da un ceppo di topi sullo sfondo di un secondo ceppo. Un insieme di 21 linee consomiche può essere utilizzato per rappresentare ogni cromosoma (nucleare) di un ceppo in un secondo.

Ci sono anche topi che vengono mantenuti come popolazioni di topi geneticamente eterogenei che vengono allevati in rotazione per mantenere un alto grado di eterozigosi. Questi ceppi sono chiamati ceppi di razza. Alcuni ceppi di razza outbred sono stati sottoposti a pressione selettiva per alta riproduzione nel loro passato. La robustezza e l'elevata riproduzione dei ceppi di razza li rendono utili negli studi riproduttivi, nelle tecnologie riproduttive e in embriologia, dove è necessario un gran numero di embrioni mutanti (che potrebbero essere solo 1/4, 1/8 o 1/16 degli embrioni). I ceppi di topi di razza non dovrebbero essere considerati più rappresentativi dei topi selvatici rispetto ai topi consanguinei: entrambi sono artefatti di laboratorio, anche se generati da diverse strategie di riproduzione e pressioni selettive.

La vitalità dei ceppi consanguinei di topi dimostra che questi ceppi non portano alcuna mutazione letale recessiva. Mutazioni letali recessive e altre mutazioni deleterie sono presenti in tutte le popolazioni di animali selvatici (è stato stimato che ogni individuo è portatore di 6 mutazioni recessive), quindi la consanguineità provoca una ridotta fitness e letalità. Si deve presumere che le mutazioni letali e deleterie erano presenti nei progenitori dei topi di laboratorio, ma i letali non sono stati propagati e le mutazioni deleterie sono state selezionate in un ambiente di laboratorio. I ceppi inbred presentano difetti genetici caratteristici del ceppo, tra cui l'agenesia del corpo calloso (ceppo 129), la cecità (C3H, FVB, SJL) e la perdita progressiva dell'udito (A/J, Balb/c, C57BL/6).

Le mutazioni che hanno influenzato il colore del mantello dei topi sono state tra i primi alleli mutanti studiati nel topo, e sono ancora importanti oggi. Molti ceppi di topi consanguinei e outbred portano un allele mutante recessivo di un gene del colore del mantello (o combinazioni di alleli recessivi). Queste mutazioni recessive sono state utili per rilevare la contaminazione di un ceppo consanguineo con topi selvatici o con un altro ceppo consanguineo.

È utile comprendere la genetica di due dei più comuni geni del colore del mantello, albino e nonagouti. Questi geni prendono il nome dai loro fenotipi mutanti recessivi, quindi i topi omozigoti mutanti nel locus albino non hanno pigmentazione (pelo bianco e occhi rosa) e gli eterozigoti e il tipo selvatico per gli albini hanno pigmentazione (pelo e occhi scuri). Il prodotto del gene albino, la tirosinasi, è necessario per la sintesi di tutti i pigmenti. I topi hanno due pigmenti diversi in ogni pelo, giallo sulla punta e nero nel resto dei capelli. Nei mutanti albini, nessuno dei due pigmenti viene prodotto. Il prodotto del gene nonagouti è necessario per la produzione del pigmento giallo, quindi i topi mutanti nonagouti hanno i capelli neri. Negli eterozigoti nonagoti e nei tipi selvatici, la pelliccia appare marrone a causa della combinazione di pigmenti gialli e neri. I topi mutanti sia per gli albini che per i nonagouti sono bianchi.

Ciclo di vita e riproduzione La

riproduzione umana (e di altri primati superiori) differisce dalla riproduzione della maggior parte dei mammiferi, in quanto La riproduzione umana non è stagionale e il ciclo ovulatorio è criptico. La riproduzione dei topi in natura varia stagionalmente e il ciclo ovulatorio è evidente e coordina l'accoppiamento. Lunghi periodi di luce giornaliera nel ciclo giornaliero favoriscono una riproduzione robusta. Pertanto, i topi da laboratorio vengono mantenuti su un ciclo di luce lungo (12 ore di luce, 12 ore di buio).

Il ciclo ovulatorio o estro delle femmine di topo ha una durata da 4 a 6 giorni. Il ciclo dell'estro può essere sincronizzato in topi femmina alloggiati insieme continuamente e può essere sospeso in assenza di esposizione ai feromoni maschili. I cicli sospesi possono essere riavviati con l'esposizione a feromoni maschili. Le femmine di topo sono ricettive all'accoppiamento solo quando hanno ovulato. Le femmine ricettive possono essere identificate mediante ispezione dei genitali. La stimolazione fisica della cervice durante l'accoppiamento è necessaria per rendere l'utero ricettivo all'impianto dell'embrione. Il maschio produce un Tappo copulatorio dalle secrezioni delle ghiandole vescicolari e coagulanti che blocca la vulva per 8-10 ore dopo l'accoppiamento. L'accoppiamento di una femmina può essere determinato dalla spina, dall'ispezione o con una sonda smussata.

L'estro e l'ovulazione possono essere manipolati da iniezioni di ormoni per sincronizzare e massimizzare l'ovulazione (superovulazione). L'embrione precoce (embrione preimpianto) è libero nell'ovidotto e nell'utero della femmina di topo per i primi 4 giorni. Gli embrioni preimpianto possono essere recuperati dall'ovidotto e dall'utero lavando i terreni di coltura attraverso gli ovidotti e le corna uterine (l'utero dei topi è bicorne, con due tratti attaccati alla cervice). Gli embrioni preimpianto possono essere manipolati in coltura mediante iniezione, infezione e aggiunta o rimozione di cellule. Possono essere coltivati e trasferiti chirurgicamente in una femmina ricevente (trasferimento di embrioni). Se l'utero della femmina ricevente è ricettivo, allora possono nascere cuccioli. Le femmine riceventi vengono accoppiate con maschi vasectomizzati prima dell'intervento chirurgico di trasferimento dell'embrione per garantire che l'utero sia ricettivo. Queste femmine pseudogravide vengono accoppiate secondo un programma tale che l'età degli embrioni trasferiti sia corrispondente.

La gestazione nel topo dura dai 18 ai 20 giorni, a seconda del ceppo. All'interno di una cucciolata di embrioni, c'è una certa variazione nei tempi di sviluppo, che è particolarmente evidente nelle fasi iniziali quando lo sviluppo morfologico è rapido.

Gli stadi degli embrioni e dei feti sono designati da una nomenclatura standardizzata. Questo sistema esprime lo stadio di un embrione come il giorno della gestazione. La mezzanotte che precede la presa è designata come 0.0 giorni o E0.0. Tuttavia, poiché i singoli embrioni all'interno di una cucciolata e gli embrioni di ceppi diversi si sviluppano a velocità diverse, lo stadio di L'embrione, designato in giorni, è definito morfologicamente, appunto. Ad esempio, a otto giorni (mezzanotte alla fine dell'ottavo giorno), alcuni embrioni avranno formato il primo somite e saranno E8.0, e altri in una cucciolata potrebbero essere più giovani con pieghe della testa ben sviluppate ed essere E7.75 e altri potrebbero essere più vecchi con 3 somiti ed essere E8.25. Sì, è davvero confuso come pensi.

La maggior parte delle cucciolate che nascono possono essere allevate con successo dalle loro madri. I cuccioli che non sono vitali possono essere parzialmente o interamente consumati dai topi nella gabbia. Quando la madre non è felice, tuttavia, può mangiare l'intera cucciolata. Una componente chiave per mantenere felici i topi è tenerli in gruppi sociali stabili. Pertanto, le coppie maschio-femmina, le coppie di femmine gravide conosciute o una femmina non gravida e incinta hanno tutte maggiori probabilità di allevare con successo la prole rispetto alle femmine alloggiate individualmente.

I topi nascono glabri e con gli occhi chiusi. A tre settimane di età, hanno i capelli adulti, gli occhi aperti, i denti e possono saltare in cima alla gabbia per nutrirsi e bere. In questo momento possono essere allontanati dalle loro madri e sono tipicamente alloggiati insieme per sesso.

Per i ceppi mirati e transgenici, i topi portatori dell'alterazione del DNA vengono solitamente identificati prelevando un pugno di tessuto dall'orecchio in uno schema per marcare l'animale e fornire il DNA per un test PCR (genotipizzazione). La genotipizzazione viene spesso eseguita allo svezzamento.

La maturità sessuale può verificarsi già a 6 settimane nelle femmine e a 8 settimane nei maschi, a seconda del ceppo.

La durata della vita riproduttiva varia ampiamente con il ceppo, ma le femmine hanno in genere una durata della vita riproduttiva di 6-8 mesi, mentre i maschi hanno una durata della vita riproduttiva di circa un anno. In pratica, è importante non sopravvalutare la durata della vita riproduttiva per non perdere la capacità di propagare il ceppo.

Anche la durata della vita dei topi varia a seconda del ceppo, ma in genere è di 1,5-2 anni.

Oltre

al background genetico standardizzato, vengono fatti molti sforzi per standardizzare lo stato patogeno dei topi. Sembra ovvio che gli agenti patogeni e i cicli di infezione potrebbero influenzare i risultati della ricerca, ma lo standard di pratica va oltre gli agenti patogeni con effetti clinici per includere alcuni agenti senza effetti clinici nei topi normali. Il razionale per l'eliminazione degli agenti subpatogeni è che possono avere effetti immunomodulatori, poiché i topi sono ampiamente utilizzati per la ricerca immunologica. Questo standard di cura è chiamato Specific Pathogen-Free. Questo standard è stato modificato come nuovo Gli agenti patogeni vengono scoperti o i loro effetti sono meglio compresi. Ad esempio, i norovirus e l'Helicobacter sp sono stati aggiunti di recente all'elenco dei patogeni esclusi.

I topi che hanno agenti patogeni sono resi privi di patogeni specifici mediante riderivazione. La riderivazione è un trasferimento di embrioni in cui la madre donatrice di embrioni viene tenuta in quarantena, gli embrioni recuperati sterilemente e trasportati fuori dalla quarantena e trasferiti in una femmina ricevente pseudogravida priva di patogeni specifici, ospitata in una struttura priva di patogeni specifici.

I batteri commensali possono influenzare la fisiologia e interagire con le varianti genetiche nell'ospite. Al fine di controllare i commensali, i topi privi di batteri (topi axenici) possono essere generati con il parto cesareo. I topi axenici possono quindi essere inoculati con popolazioni batteriche definite per generare topi gnotobiotici.

Coltura

cellulare Le colture primarie di embrioni o feti di topo (Primary Mouse Embryonic Fibroblasts o MEFs) possono essere utilizzate per esaminare i fenotipi cellulari. I MEF possono essere immortalizzati mediante coltura estesa fino a quando non vengono trasformati, oppure linee cellulari da tessuti specifici possono essere generate dall'espressione dell'antigene T SV40 nel topo nel tessuto di interesse.

Possono essere generate linee cellulari da embrioni preimpianto. Queste linee di cellule staminali embrionali (cellule ES) possono essere utilizzate per introdurre DNA esogeno e per alterare il DNA endogeno mediante targeting genico. Queste cellule ES possono essere studiate direttamente in coltura o possono essere utilizzate per generare topi contenenti le alterazioni genetiche. I ceppi di topo esistenti possono anche essere utilizzati per generare nuove linee cellulari ES, utilizzate anche per studiare i fenotipi cellulari in vitro. Le cellule ES presentano molti vantaggi rispetto ai MEF, tra cui una proliferazione più rapida e la formazione di colonie clonali.

Chimere

Gli embrioni preimpianto possono essere manipolati per incorporare altre cellule e, se le cellule aggiunte sono simili a embrioni (ad esempio cellule ES), parteciperanno alla formazione di un embrione, feto e animale nato vivo. Le cellule ES possono partecipare alla formazione di tutti i tessuti adulti, compresa la linea germinale, le cellule che producono i gameti. Questi embrioni, feti e adulti, che sono miscele di due cellule geneticamente distinte, sono chiamati chimere.

Poiché i genomi dei diversi componenti di una chimera si trovano in cellule separate, i genomi non si ricombinano. Pertanto, se l'embrione ospite è a/a e la cellula ES è a/a, allora potrebbero essere prodotti sia lo spermatozoo 'a' che 'a'. Ma uno spermatozoo deve provenire dall'ospite e uno spermatozoo deve provenire dalla cellula ES. Se questa chimera viene accoppiata con un topo che è a/a, allora una prole a/a proviene dalle cellule ospiti, e La prole A/a proviene dalla cellula ES.

Nell'esempio precedente, la a e la A sono simboli usati per il locus nonagouti, dove i topi a/a sono neri e i topi A/a (e i topi A/A) sono marroni. Questo schema è la strategia più spesso utilizzata per determinare se le cellule ES si trasmettono attraverso la linea germinale alla prole.

In un tipico esperimento di targeting, solo una delle due copie del gene viene presa di mira, in modo che solo il 50% della prole bruna sia portatrice della mutazione desiderata.

Le cellule ES sono tipicamente prodotte da maschi. Gli embrioni ospiti non vengono selezionati per il sesso, quindi le chimere possono essere realizzate con un embrione ospite maschio o una femmina. A causa della natura dominante del testosterone e del fatto che agisce a livello sistemico, le chimere maschio/femmina saranno topi maschi.

Le chimere possono anche essere utilizzate sperimentalmente per Esaminare l'effetto di un gene mutante sulle cellule nel contesto di un tessuto di tipo selvatico. Questa strategia può essere utilizzata per determinare se l'effetto del gene mutante agisce sulla cellula stessa (autonoma) o sui suoi vicini adiacenti o lontani (non autonoma).

Topi

transgenici I topi possono essere ingegnerizzati per avere un gene introdotto, i cosiddetti topi transgenici. Tipicamente, gli ovuli fecondati (zigoti) vengono raccolti e microiniettati con DNA. Il DNA viene iniettato nel nucleo dello spermatozoo dopo la fecondazione, ma prima che si fonda con il nucleo dell'uovo - prima della fusione i nuclei aploidi sono chiamati pronuclei, quindi l'iniezione è talvolta chiamata iniezione pronucleare. Circa il 20% degli ovuli iniettati sopravvissuti avrà il DNA inserito in un sito in un cromosoma. Il DNA iniettato si inserisce tipicamente come più copie dalla testa alla coda (da 10 a 100 copie) in questo sito.

Le l'inserimento del DNA mediante microiniezione spesso (~10% delle volte) provoca mutazioni. Questo alto tasso di mutagenesi si verifica non perché il 10% del genoma sia funzionale, ma perché l'inserimento del DNA è spesso accompagnato da delezione e riarrangiamento nel sito di inserimento.

I geni introdotti sono spesso minigeni costituiti da elementi enhancer per l'espressione tessuto-specifica, un promotore trascrizionale, le sequenze codificanti (cDNA) e un set completo di segnali di poliadenilazione.

Sorprendentemente, il livello di espressione di un transgene minigene non è correlato con il numero di copie.

L'espressione dei transgeni può essere persa nelle generazioni successive attraverso il silenziamento epigenetico, quindi è importante un mezzo per monitorare che il transgene continui ad essere espresso, e monitorare da solo la trasmissione del DNA nella prole non basta.

L'espressione dei transgeni può essere alterata dall'ambiente cromosomico che li circonda. Questi effetti includono il livello di espressione, i tessuti espressi e la propensione al silenziamento.

Poiché non tutti i transgeni sono espressi come desiderato e poiché l'inserimento potrebbe aver interrotto un gene endogeno, è necessario analizzare più (~3) topi o linee fondatrici transgeniche indipendenti per garantire che i fenotipi generati siano dovuti al transgene. Per facilitare ciò, ogni topo fondatore positivo al DNA dall'iniezione viene tipicamente allevato con topi di tipo selvatico per stabilire una linea di topi discendenti da quel fondatore, e quindi le diverse linee fondatrici vengono trattate come esperimenti indipendenti.

Esistono anche sistemi per il controllo temporale dell'espressione transgenica. Uno dei sistemi più diffusi è la doxiciclina/tetraciclina sistema. La strategia prevede il controllo dell'espressione genica utilizzando la somministrazione di un farmaco. Tipicamente, questi sistemi coinvolgono due transgeni, uno che esprime un fattore di trascrizione che si lega al farmaco che attiva o inibisce il fattore di trascrizione; il secondo ha sequenze di DNA per il legame del fattore di trascrizione che regolano l'espressione delle sequenze bersaglio in cis.

Il clonaggio e la piastrellatura del genoma con frammenti genomici di grandi dimensioni (~200 kb) in librerie di cromosomi artificiali batterici (BAC) ha reso possibile l'uso di questi frammenti come transgeni. A differenza dei minigeni transgenici, questi grandi frammenti esprimono direttamente in modo proporzionato il loro numero di copie nel genoma, spesso nel modello di espressione del gene endogeno e sono molto meno suscettibili al silenziamento epigenetico. Inoltre, sono disponibili tecnologie (ad esempio, la ricombinazione) per modificare il DNA in Modi.

Targeting

genico I geni delle cellule ES in coltura possono essere manipolati mediante ricombinazione omologa. La capacità di far crescere un gran numero di cellule permette la selezione di cellule con rari eventi di ricombinazione omologa, e la capacità delle cellule ES di contribuire ai topi rende possibile l'introduzione di queste alterazioni genetiche nei topi, una volta identificate le cellule con eventi rari. Anche in questo caso la crescita clonale delle cellule ES è importante, in quanto consente la facile formazione di molte singole linee di cellule.

Molto spesso, il targeting genico viene utilizzato per generare una mutazione tale che il gene non produce più un prodotto funzionale (un allele nullo del gene). Un allele nullo è lo strumento genetico più importante per determinare la normale funzione di un gene. Queste mutazioni sono colloquialmente indicate come knockout.

Il targeting genico può essere utilizzato per introdurre mutazioni puntiformi o altre sottili alterazioni della sequenza o per inserire una nuova sequenza codificante completa in un gene. Queste mutazioni sono colloquialmente indicate come knockins.

Poiché un gene può avere più funzioni in momenti diversi e in tessuti diversi, è utile essere in grado di eliminare la funzione genica in momenti specifici o in tessuti specifici. Questi alleli sono chiamati alleli condizionali o, colloquialmente, alleli floxati (per affiancati da loxP). Gli alleli condizionali generati dalla ricombinazione omologa hanno funzione wild type fino a quando non vengono esposti alla ricombinasi Cre, che elimina una porzione del gene che era affiancata dalle sequenze di DNA che legano Cre, la sequenza loxP. Nei casi in cui le sequenze codificanti Cre sono fuse in una forma mutante del dominio di legame del ligando del recettore degli estrogeni (Cre-ER), il farmaco tamoxifene può essere somministrato a topi per attivare Cre-ER, avviando un ciclo di ricombinazione.

librerie di trappole geniche di geni mutati nelle cellule ES sono un'importante risorsa genetica. Le librerie di trappole geniche sono generate dall'inserimento casuale del DNA del vettore trappola genica nei geni, con successiva identificazione molecolare del gene. I vettori di trappole geniche sono in genere di due tipi, trappole accettori di splicing o trappole poli-A. In una trappola accettore di splicing, quando la trappola genica si inserisce in un introne con l'orientamento corretto, il modello di splicing del gene endogeno viene interrotto dallo splicing nell'accettore di splicing della trappola genica. Lo splicing nella trappola genica provoca anche l'espressione di un gene di resistenza ai farmaci e la sopravvivenza di tali cellule in presenza del farmaco. In una trappola poli-A, il vettore della trappola genica ha un promotore e sequenze codificanti per un gene di resistenza ai farmaci, ma nessun segnale di poliadenilazione. In mancanza di Un segnale di poliadenilazione, non viene prodotta una quantità sufficiente di proteina di resistenza ai farmaci per consentire la sopravvivenza. Se un vettore trappola poli-A si inserisce a monte dei segnali di poliadenilazione di un gene con l'orientamento corretto, verranno realizzati trascritti correttamente terminati e adenilati per il gene di resistenza ai farmaci, insieme alla proteina di resistenza ai farmaci. Per interrompere la funzione del gene, le trappole poli-A hanno anche un accettore di splicing per interrompere lo splicing del gene endogeno. I geni che sono stati intrappolati vengono identificati mediante sequenziamento di cDNA inseriti in sequenze di trappole geniche. Le collezioni di trappole genetiche sono ora abbastanza grandi da consentire ai geni con introni di essere stati intrappolati più volte. Le trappole geniche con inserzioni negli introni verso l'estremità 5' del gene hanno maggiori probabilità di provocare la completa perdita di funzione (null).

Risorse e archivi

mutanti Le agenzie scientifiche di tutto il mondo hanno riconosciuto che Il loro supporto è necessario per la conservazione e la distribuzione di topi varianti. Mouse Genome Informatics (MGI) presso il Jackson Laboratory mantiene un database di topi mutanti, transgenici e altre varianti che sono stati pubblicati. Questo è il punto di partenza per determinare quali alleli di un gene sono stati pubblicati. MGI si collega all'International Mouse Strain Resource (IMSR), che è un database di mutanti in archivi pubblici come topi o gameti crioconservati, embrioni o cellule ES. Gli alleli dei geni nelle librerie di trappole geniche non sono attualmente accessibili tramite MGI e IMSR. I due luoghi da cui iniziare la ricerca di alleli trappola genetica sono l'International Genetrap Consortium e il Texas Institute for Genomic Medicine. Esistono anche trappole genetiche condizionali, che possono essere facilmente ricercate presso il programma europeo di mutagenesi condizionale del topo (EUCOMM). Collegamenti con consorzi che lavorano dai fenotipi delle varianti e dei mutanti indotti fino a il gene mutato - genetica diretta o classica - è disponibile sulla pagina Phenotypes and Mutants Community Resources di MGI.

Risorse

sul DNA Il Jackson Laboratory fornisce DNA genomico da molti dei loro ceppi.

Le librerie BAC di DNA genomico sono state create da un certo numero di ceppi di topi consanguinei. Due di queste librerie, da 129 e C57BL/6J, sono state sequenziate e affiancate sul genoma assemblato, in modo che il contenuto dei cloni sia noto. Per 129 cloni genomici, i BAC contenenti il gene possono essere identificati utilizzando il browser genomico ensembl, selezionando la fonte DAS "cloni 129S7/AB2.2". Se si desidera ottenere un clone specifico, facendo clic sul BAC si aprirà un menu e selezionando il collegamento in fondo all'elenco si accede al modulo d'ordine per l'acquisto presso l'Istituto Sanger. C57BL6J cloni BAC possono essere identificati con l'UC Santa Cruz browser del genoma e acquistato dal BACPAC Resources Center CHORI. Le posizioni dei polimorfismi a singolo nucleotide tra questi ceppi possono essere accertate qui sul sito web di Jax.